El Atlas de la Antártida Argentina contempla un abanico de ejes temáticos que permite abarcar cuatro grandes áreas de interés del conocimiento del territorio antártico: Ciencias de la tierra; Ciencias sociales y humanas; Ciencias de la vida y Ciencias ambientales.
A continuación, se presentan los ejes temáticos definidos. En la publicación, estos ejes temáticos están compuestos por contenidos a nivel de temas, en todos los casos, y también de subtemas, en muchos de ellos.